我国保密工作组织机构分为领导机构和管理机构两大类。领导机构的基本形式是各级党组织的保密委员会(保密领导小组)。中央保密委员会是我国保密工作的最高领导层，省(自治区、直辖市)、地(市、州、盟)、县(市、区)三级党委保密委员会是各地区保密工作的领导机构。上级保密委员会对下级保密委员会的工作负有指导和监督的职权，但是上下级保密委员会之间没有直接隶属关系。各级保密委员会都是由本级党委组建，受本级党委直接领导，代表本级党委对其职权范围内的保密工作进行领导，对本级党委负责。保密委员会的负责人一般由本级党委领导班子中的负责同志担任；委员由党委、政府及有关部门的负责同志担任。委员会内部实行委员分工负责制。保密委员会下设办公室，负责处理保密委员会的日常工作。

除地方各级党委保密委员会外，中央和国家机关、地方各级党政机构，以及国有企事业单位也都设立有保密委员会，负责领导本部门、本单位及本系统的保密工作。

保密工作管理机构的基本形式是政府的保密局和机关、单位的保密办。国家保密局是全国保密工作的最高管理层，是国务院的职能部门，主管全国的保密工作。省(自治区、直辖市)、地(市、州、盟)、县(市、区)保密局，是各级政府管理保密工作的职能部门，对本级政府负责。国家保密局与中央保密委员会办公室为一个机构，两块牌子。地方政府保密局与本级党委保密委员会办公室，也是一个机构，两块牌子。

除各级政府保密局之外，中央国家机关、县级以上国家机关和涉及国家秘密的单位(如高校、大型企业单位、大型事业单位)，一般也设立保密工作管理机构(通常称保密办公室或保密处)或指定某个部门承办日常保密管理工作。